How to Access

0. 以下のリンクをコピーしてアクセスする

https://igem-tsukuba-leaps.vercel.app/

1. ページへのアクセス

トップページの「Get Started」ボタンをクリックし、サインアップにアクセスする。

2. アカウントの作成

メールアドレスを入力し、「Sign Up」ボタンをクリックします。確認メールが送信されるので、メール内のリンクをクリックして認証を完了する。また、「Sign up with Google」ボタンをクリックして、Googleアカウントでサインアップすることもできる。

3. プロジェクトの作成

サインアップが完了すると、プロジェクトページにリダイレクトされる。右上の「↑」ボタンをクリックし、新しいプロジェクトを作成することができる。

How to Use

1. プロジェクトの選択

プロジェクトページで、使用したいプロジェクトをクリックして選択する。

2. ステップ1の入力

ここでは、我々の意図しない使用を防ぐため、情報の開示を行う。

選択したプロジェクトのページで、「Step1. Disclose Information」セクションに移動する。まず、「Questions」に対して、YES/NOの選択肢をクリックして回答する。次に、「Consent」に対して、チェックボックスをクリックして同意する。

3. ステップ2の入力

ここでは、データセットのアップロードを行う。

選択したプロジェクトのページで、「Step2. Upload Dataset」セクションに移動する。

CSVファイルやTSVファイルなどを受け付けている。

以下のような例に沿って作成すること。

id,sequence,ex,em,brightness
sirius,MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHRFSVSGEGEGDATYGKLTLKLICTTGKLPVPWPTLVTTLQFGVLCFARYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNGISSNVYITADKQKNGIKAHFKIRHNIEDGGVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSVQSKLSKDPNEKRDHMVLLESVTAAGITLGMDELYK,355,424,3.60 
ebfp,MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTHGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYK,380,440,6.30 
bfp,MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFSHGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYK,381,445,5.32 

ここで、idはユニークな文字列であり、sequenceは標準アミノ酸のタンパク質である。idおよびsequenceは必須である。各ラベルについては、プロジェクトに合わせて名称を変更できる。

なお、ラベルは少なくとも1つ必要である。また、データセットは少なくとも40行のデータが必要である。

4. ステップ3の入力

ここでは、各ラベルに対して、目標を設定する。

選択したプロジェクトのページで、「Configure Optimization」セクションに移動する。

目標には、maximaze / minimize / rangeが利用できる。maximizeは、ラベルの値が最大になるように最適化される。minimizeは、ラベルの値が最小になるように最適化される。rangeは、ラベルの値が設定したupperとlowerの範囲に収まるように最適化される。

5. プロジェクトの実行

プロジェクトページの下部にある「Run」ボタンをクリックする。

プロジェクトが実行されると、タスクが作成される。このタスクは、キューに追加され、順番が来るとサーバーで処理が開始される。

6. 結果の確認

プロジェクトページの下部にあるテーブルで結果が確認できる。

テーブルは、生成された配列と各ラベルの予測した値のほかに、毒性タンパク質のデータベースにヒットしたかどうかが返される。

License

本プロジェクトは MITライセンス のもとで公開されている。誰でも自由に利用・改変・再配布することが可能である。